Il cucciolo di delfino bianco Flippy entra in una grotta per giocare a nascondino nella Valle Oscura subacquea e si imbatte in una strana creatura “senza squame e senza pinne”. È un cucciolo d’uomo, Blu, e la mamma di Flippy, su consiglio della saggia tartaruga che governa il Regno sottomarino, lo crescerà come un figlio. Ma Blu scoprirà di non essere un delfino, anche se lo accomuna al “fratello” Flippy la necessità di respirare fuori dall’acqua. Il bambino troverà un ciondolo con l’immagine di una donna: è la sua vera madre, che non è sopravvissuta all’incidente aereo dal quale invece è scampato Blu, all’epoca poco più che un neonato.

Ma la sua ricerca identitaria sarà ostacolata dal perfidio Octopus, un enorme polipo che emerso dalla Zona proibita per fare sì che nel Regno Sottomarino non ci sia posto per chi ha bisogno di aria; infatti rispedirà Blu sulla terraferma. Per fortuna il bambino troverà un capitano della sua stessa specie e molti altri alleati che lo aiuteranno a difendersi da Octopus e a districarsi fra le sue diverse appartenenze.